南京大學(xué)是中國(guó)一所集教學(xué)和研究于一體的現(xiàn)代大學(xué),，其學(xué)脈可追溯自孫吳永安元年（258年）的南京太學(xué)，近代校史肇始于1902年籌辦的三江師范學(xué)堂,，先后歷經(jīng)多次變遷,。1920年在中國(guó)國(guó)立高等學(xué)府中首開“女禁”，引領(lǐng)男女同校之風(fēng),。

 很早在中國(guó)開展現(xiàn)代學(xué)術(shù)研究,，建立中國(guó)很早的現(xiàn)代科學(xué)研究實(shí)驗(yàn)室，成為中國(guó)很早的以大學(xué)自治,、學(xué)術(shù)自由,、文理為基本兼有農(nóng)工商等專門應(yīng)用科、集教學(xué)和研究于一體為特征的現(xiàn)代大學(xué),?！秾W(xué)衡》月刊的創(chuàng)辦，使得南京大學(xué)成為中西學(xué)術(shù)文化交流的中心,，被譽(yù)為“東方教育的中心”,。1949年由民國(guó)時(shí)期中國(guó)特高學(xué)府“國(guó)立中央大學(xué)”易名“國(guó)立南京大學(xué)”，翌年徑稱“南京大學(xué)”，沿用至今,。

南京大學(xué)是中國(guó)現(xiàn)代科學(xué)的發(fā)祥地,，是哈佛大學(xué)白碧德主義影響下的中國(guó)“學(xué)衡派”的雅集地，被譽(yù)為“中國(guó)科學(xué)社的大本營(yíng)和科學(xué)發(fā)展的主要基地”,，被楊振寧稱贊為“中國(guó)不錯(cuò)的大學(xué)”,，也是“985工程”首批九所高水平大學(xué)中一個(gè)未合并其他院校的高校，堅(jiān)持“內(nèi)涵發(fā)展”,，保持“原汁原味”辦學(xué)優(yōu)勢(shì)與特色,，贏得社會(huì)“中國(guó)溫和的大學(xué)”之美譽(yù)。

1950年10月10日,，接華東軍政委員會(huì)教育部通知,，校名去 “國(guó)立”兩字而徑稱“南京大學(xué)”。校長(zhǎng)周鴻經(jīng)去職,，梁希擔(dān)任校務(wù)委員會(huì)主席,。

1951年7月，南京大學(xué)改校務(wù)委員會(huì)制為校長(zhǎng)制,，潘菽任校長(zhǎng),。這一階段，學(xué)校根據(jù)“維持原有學(xué)校,，逐步進(jìn)行改善”的工作方針,，通過(guò)一系列積極穩(wěn)妥的改革，確立了社會(huì)主義辦學(xué)方向,，明確了教學(xué)與科研相結(jié)合的方針和民主集中制的領(lǐng)導(dǎo)體制,，為日后的發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

1952年7月進(jìn)行院系調(diào)整,，南京大學(xué)調(diào)整出工學(xué),、農(nóng)學(xué)、師范等院系成立南京工學(xué)院,、南京農(nóng)學(xué)院,、南京師范學(xué)院等院校以及組建有關(guān)院校相關(guān)系科；保留文,、理學(xué)院,，主要并入金陵大學(xué)文、理學(xué)院,，校址從四牌樓2號(hào)遷至鼓樓原金陵大學(xué)校址,，成為文理綜合性大學(xué)。

1956年12月,，潘菽率心理系師生遷到北京組建中國(guó)科學(xué)院心理研究所,，次年郭影秋接任校長(zhǎng),，1963年匡亞明任校長(zhǎng)。1966年文革爆發(fā),，教學(xué)工作受到破壞，本科生停止招生6年,，研究生停止招生12年,；當(dāng)時(shí)南京大學(xué)以被稱為曾是“國(guó)民黨反動(dòng)派的高等學(xué)府”、“國(guó)民黨的文化中心”等理由而受到特別的沖擊,。

1976年,，南大在校師生率先發(fā)起旨在反對(duì)和結(jié)束文化大革命的南京三·二九事件”，為四五運(yùn)動(dòng)的先聲,，南京反文革勢(shì)力運(yùn)動(dòng),，影響全國(guó)。

1978年5月,，哲學(xué)系青年教師胡福明發(fā)表了《實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的標(biāo)準(zhǔn)》,，引發(fā)全國(guó)真理標(biāo)準(zhǔn)問(wèn)題大討論，拉開了當(dāng)代中國(guó)思想解放的序幕,，推動(dòng)了鄧小平領(lǐng)導(dǎo)開創(chuàng)的中國(guó)改革開放時(shí)代的到來(lái),。

1978年5月，匡亞明復(fù)任校長(zhǎng),，1984年8月,，曲欽岳任校長(zhǎng)。

1993年,，南京大學(xué)浦口校區(qū)投入使用,。

1994年，南京大學(xué)被確定為國(guó)家“211工程”重點(diǎn)支持的大學(xué),。

1999年,，南京大學(xué)進(jìn)入國(guó)家“985工程”首批重點(diǎn)建設(shè)的高水平大學(xué)行列。

2006年,，教育部和江蘇省再次簽訂重點(diǎn)共建南京大學(xué)的協(xié)議,。

2009年10月，南京大學(xué)仙林校區(qū)啟用,，原浦口校區(qū)移交金陵學(xué)院,。仙林校區(qū)按規(guī)劃和鼓樓校區(qū)協(xié)作分工，將成為南京大學(xué)主校區(qū),。

2009年12月30日,，南京大學(xué)在原有的物理學(xué)系、電子科學(xué)與工程系和材料科學(xué)與工程系的基礎(chǔ)上,，新組建成立了物理學(xué)院,、電子科學(xué)與工程學(xué)院,、現(xiàn)代工程與應(yīng)用科學(xué)學(xué)院，實(shí)現(xiàn)文理工醫(yī)四大學(xué)科領(lǐng)域協(xié)調(diào)發(fā)展,。

2011年,，教育部和江蘇省簽署協(xié)議繼續(xù)重點(diǎn)共建南京大學(xué)。

2016年5月,，國(guó)務(wù)院辦公廳印發(fā)《關(guān)于建設(shè)大眾創(chuàng)業(yè)萬(wàn)眾創(chuàng)新示范基地的實(shí)施意見(jiàn)》,，南京大學(xué)入選成為首批4個(gè)高校和科研院所雙創(chuàng)示范基地之一。